Kui Nõukogude Eestis oli usuvabadus kirjas vaid paberil, siis taasiseseisvumise järel on see tegelik.
Kinnituse selle kohta, et Eesti riik kohustub kodanikuõiguste ja -vabaduste hulgas tagama ka usuvabaduse, leiame juba meie omariikluse väljakuulutamise dokumendist, „Manifestist Eestimaa rahvastele“.
„Eestis on usu- ja südametunnistuse vabadus.“
1920. aastal vastu võetud esimeses põhiseaduses on usuvabaduse põhimõte leidnud konkreetsemat selgitust:„Eestis on usu ja südametunnistuse vabadus. Keegi ei ole kohustatud korda saatma usutunnistuslikke tegusid, olema usutunnistusliku ühingu liige ega kandma selle kasuks avalikke kohustusi.
Usuliste talituste täitmine on takistamatu, kui see ei käi avaliku korra ja kõlbluse vastu. Usutunnistus ega ilmavaade ei või vabanduseks olla kuriteo korda saatmisele või kodaniku kohuste täitmisest kõrvalehoidmisele. Riigiusku Eestis ei ole.“
Kuna suur osa Eesti elanikke oli Eesti riikluse loomise ajal seotud mõne kiriku või muu usulise liikumisega (kõige rohkem oli luterlasi ning arvukuselt järgmised olid õigeusklikud), siis oli usuelu ühiskonnaelu loomulik osa.
Seetõttu võib pidada täiesti oodatavaks, et kui vasakpoolsete erakondade enamusega Asutav Kogu viis usuõpetuse andmise 1920. aastal algkoolidest välja, siis rahvaalgatuse tulemusena toimunud rahvahääletusel 1923. aastal toodi usuõpetus koolidesse valdava häälteenamusega tagasi.
Kui 1920. aastatel ja 1930. aastate esimesel poolel ei tehtud seadustes eelistusi suuremate kirikute suhtes, siis 1934. aastal kehtestatud uus kirikute ja usuühingute seadus kohtles suuremaid ja väiksemaid usulisi ühendusi erinevalt.
Samas andis see seadus valitsusele ja siseministrile ka senisest suuremad õigused sekkuda kirikute juhtimisse. Luteriusu kiriku suhtes valitsus seda õigust 1939. aastal ka kasutas, peatades piiskop Hugo Bernhard Rahamägi ning kirikukogu ja konsistooriumi volitused ja määrates kirikujuhiks hooldaja.
Usuellu sekkuti ka muul viisil, näiteks lõpetati Jehoova tunnistajate tegevus. Samal ajal muudeti sundtäidetavaks kirikute ja usuühingute liitude liikmemaksude sissenõudmine.
Luteriusu kirik ja õigeusu kirik omandasid 1938. aasta põhiseaduses võrreldes teiste usuliste kogukondadega õiguslikult eelistatuma seisundi – põhiseaduses sedastati, et „suuremaile kirikuile võidakse seadusega anda avalikõiguslikke aluseid“.
Samuti kuulusid nii luteriusu piiskop kui ka õigeusu metropoliit parlamendi teise kotta – Riiginõukogusse.
Siiski oli esimesel iseseisvusajal usuvabadus Eestis üldiselt tagatud ning tegutseda oli võimalik väga erinevatel usuorganisatsioonidel ja -liikumistel.
Märtrisurma surid nii katoliku peapiiskop Eduard Profittlich kui ka endine luteri kiriku piiskop Hugo Bernhard Rahamägi. Kogudusi maksustati kõrgete maksumääradega ja pühakodade eest tuli tasuda üüri ruumala järgi.
Saksa okupatsiooni ajal1941.–1944. aastal olid usulise tegevuse võimalused avaramad, kuid usuvabaduse olemasolust täies mahus ei saa rääkida, arvestades näiteks juutide või Jehoova tunnistajate tagakiusamist.
Pärast Teist maailmasõda jätkus usulise tegevuse piiramine ja algas ateistlik propaganda, mis seisnes muu hulgas usklike avalikus naeruvääristamises (ajakirjanduses, kirjanduses, filmides).
Stalini eluajal olid tavapärased ka repressioonid. Näiteks 1951. aastal küüditati Eestist Siberisse ligi 300 Jehoova tunnistajat. Nõukogude ajal oli keelatud ka nelipühilaste tegevus. Pärast Stalini surma olud veidi leevenesid ning 1950. aastate teisel poolel ristiti ja leeritati kogudustes suur hulk inimesi. Peagi võttis aga riik kogudusi puudutavad piirangud taas suurema tähelepanu alla ning usuline tegevus suruti pühakodade seinte vahele, välistades seejuures ka laste-, naiste- ja noortetöö ning pühapäevakoolide tegevuse.
Kirikukooride töö sai siiski jätkuda, kuigi oli juhtumeid, kus kirikukooris osaleja pidi tööalase surve tõttu või selle kartuses loobuma kooris laulmisest. Esines ka otsest diskrimineerimist, kui usklikku inimest keelduti riigisüsteemis erialasele tööle võtmast.
Nõukogude Liidus 1980. aastate teisel poolel alanud muutused tõid kaasa vabamad olud ka usuelus. Koguduste tegevus elavnes ning inimesed pöördusid perekondade kaupa vaimulike poole palvega teha ära kõik need usutalitused, mis Nõukogude võimu ajal toimetamata olid jäänud – ristimised, leeritamised, abielude laulatamised. Taas said hakata tegutsema koguduste pühapäevakoolid, noortegrupid ja -laagrid. Kirikute ja koguduste osalemine ühiskonnaelus ja rahvusvahelises suhtlemises sai omaloomuliku koha. Vaimulikud ja koguduste liikmed olid aktiivsed muinsuskaitseliikumises, erakondade tegevuses ja Eesti riikliku iseseisvuse taastamisel.
Juba enne taasiseseisvumist olid kehtetuks tunnistatud nõukogudeaegsed õigusaktid ja piirangud, mis puudutasid usulist tegevust, samuti olid lõpetanud tegevuse riiklikud järelevalveasutused, mis pidid usualasel tegevusel silma peal hoidma.
1991. aasta suvel vastu võetud omandireformi aluste seadus nägi ette, et kirikutele ja kogudustele tagastatakse Nõukogude võimu poolt ära võetud hooned ja maaomandid.
1992. aasta juunis rahvahääletusel vastu võetud põhiseaduse 40. paragrahviga tagatakse igaühele südametunnistuse-, usu- ja mõttevabadus.
Sätestatakse, et kuulumine kirikutesse ja usuühingutesse on vaba ning riigikirikut ei ole. Igaühel on vabadus nii üksinda kui ka koos teistega, avalikult või eraviisiliselt täita usutalitusi, kui see ei kahjusta avalikku korda, tervist ega kõlblust. Neid usuvabaduse põhimõtteid kinnistavad kirikute ja koguduste seadus, samuti paljud teised seadused.
Väärib esiletõstmist, et nii kaitseväes, kinnipidamisasutustes, haiglates kui ka hooldekodudes on tagatud inimeste usuline teenimine – selle eest seisavad hea vastavad kaplanaadid. Samuti on kaplanaat politsei- ja piirivalveametis. Tegutsevad erakoolid, mis lähtuvad ühe või teise usuühenduse õpetusest. Need koolid on hinnatud mitte ainult sama usku tunnistavate lapsevanemate ja õpilaste poolt, vaid ka laiemalt.
Eestis on saanud end registreerida ja tegutseda kõigi usundite ja usuliikumiste esindajad, kes on seda soovinud. Üheks erandiks on satanistid, kelle registreerimistaotluste tagasilükkamisel on viidatud seadusesättele, mille järgi ei registreerita usuühendust, mille tegevus kahjustab avalikku korda, tervist, kõlblust või teiste inimeste õigusi ja vabadusi.
Rahvusvahelistel organisatsioonidel ei ole etteheiteid usuvabaduse olukorrale Eestis ning nende soovitused ja märkused usuvabadusega seotud küsimuste lahendamiseks on olnud minimaalsed.
